Theo Nghị định số 07/1997/NĐ-CP của Chính phủ[2], quận Hải Châu được thành lập trên cơ sở toàn bộ diện tích tự nhiên và dân số của các phường Hải Châu I, Hải Châu II, Thạch Thang, Thanh Bình, Thuận Phước, Bình Thuận, Hoà Thuận, Nam Dương, Phước Ninh, Bình Hiên, Hoà Cường, Khuê Trung của khu vực I thành phố Đà Nẵng trực thuộc tỉnh Quảng Nam-Đà Nẵng cũ.

Khi mới thành lập, quận có 2.373 ha diện tích tự nhiên và 203.264 người, gồm 12 phường.

Năm 2005, phường Hoà Cường được tách thành phường Hoà Cường Nam và phường Hoà Cường Bắc, phường Hoà Thuận được tách thành thành phường Hoà Thuận Đông và phường Hoà Thuận Tây[3], phường Khuê Trung chuyển sang trực thuộc quận Cẩm Lệ.[4]

Từ đó, quận có 13 phường, giữ ổn định cho đến nay.